Peale lõunat, umbes kell 13.00, oli vangide rahutus väljunud juba vanglaametnike kontrolli alt ning vanglast hakkasid ükshaaval lahkuma ametnikud, et vangidevahelises konfliktis ise mitte viga saada. Teatud gruppi kuulunud kinnipeetavaid hakati vanglas taga ajama ning nad põgenesid ühe ühiselamu katusele, et mitte lasta ennast ära tappa. Selle ühiselamu katusele oli ainult üks ligipääs, seetõttu teisel kinnipeetavate grupil ei õnnestunud sinna kättemaksu täideviimiseks pääseda. Nad üritasid seda mitu korda, kuid tulutult, sest katusel olevad kinnipeetavad loopisid neid telliskividega ja kõikvõimalike muude selleks ettevalmistatud asjadega. Kuna kättemaksuhimulistel vangidel võimalust katusele pääsemiseks ei olnud, siis otsustati kogu ühiselamu põlema panna. Kinnipeetavad viisid keevitustöödel kasutatud gaasiballooni ühiselamusse ja see pandi koos korrusega põlema. Gaasiballooni plahvatusega loodeti katusel olevad kinnipeetavad tappa või nad katuselt alla peletada. Lisaks tehti ka lõkkeid ümber ühiselamu, et taevasse tõusev suits ajaks katusele põgenenud kinnipeetavad alla. Kuna rahutus oli juba Ämari Vangla ametnike kontrolli alt väljunud, helistati tollasele Vanglate Ameti peadirektorile. Teda teavitati teda sündmuse arengust ja paluti abijõudusid.

Vanglate Ametist anti korraldus lülitada kogu vanglast elekter välja ja tugevdada vangla välimist piirdeaeda, et ükski kinnipeetav ei saaks põgenema. Kutsuti kokku erinevatest vanglates olnud ametnikud ja varustati nad olemasolevate kuulivestide, kumminuiade ja relvadega ning saadeti Ämari Vanglasse rahutust likvideerima. Appi paluti ka äsja Eesti Politseis moodustatud K-komando, et aidata vanglas korda tagada. Tegutseda oli vaja kiiresti, kuna väljas hakkas pimedaks minema ning tuli vältida kannatanute arvu kasvamist. Kui kõik appi kutsutud üksused kohale jõudsid, anti neile instruktaaž, kuidas keegi peaks tegutsema. Kõigile ametnikele anti korraldus, et ennem keegi ei tulista, kui on selleks Vanglate Ameti peadirektorilt saanud korralduse. Põhiülesandeks oli vanglas kord taastada ja päästa katusele põgenenud kinnipeetavad. Vanglasse pääsemine oli raskendatud, sest väravate ees oli kõikvõimalikku rämpsu. Võeti appi buldooser, mille abil puhastati tee ja siseneti koos K-komando eriüksuse liikmetega vanglasse.

Kuivõrd oodata oli vangide vastupanu, siis tuli tegutseda äärmiselt ettevaatlikult ja kiirelt, et ära hoida suuremat kahju ja hukkunute arvu kasvu. Kasutati paukpadruneid, et tekitada kinnipeetavates hirmu, et nad tõmbuksid tagasi. Peale buldooseri, tuletõrjeauto ja K-komando sisenemist vangla territooriumile hakkasid kõik kinnipeetavad jooksma, sest eelnevalt oli antud korraldus minna kõigil vangidel oma tubadesse. Kinnipeetavate peal, kes korraldust ei täitnud, kasutati füüsilist jõudu, pandi nende käed raudu ning transporditi minema. Üsna kiiresti võeti õiguskaitseorganite poolt vanglas võim kinnipeetavatelt üle. Tuletõrje läks ühiselamu tulekahju likvideerima ja katusel olevaid kinnipeetavaid päästma. K-komando ja vanglate eriüksuse ametnike poolt lukustati rahutuses osalenud kinnipeetavad oma tubadesse ja taastati vanglas olnud järelevalve.