Tegevuskava koostamise teine etapp - valdkondliku osakonna ja prefektuuri aastase tegevuskava ja ressursside jagunemise projekti koostamine - toimub MFKO ettepanekul ajavahemikus september kuni november. Valdkondliku osakonna ja prefektuuri lühiajalise tegevuskava ja ressursside jagunemise projekti koostamise algatab põhivaldkonna tegevuskava läbirääkija esitades prefektuuri tegevuskava läbirääkijatele ettepaneku valdkondliku lühiajalise tegevuskava ja ressursside jagunemise kohta valdkondliku osakonna ja prefektuuride vahel.

Prefektuuri tegevuskava läbirääkija koondab põhivaldkondade ettepanekud, analüüsib valdkondlikes tegevuskavades ettenähtud eesmärkide ja oodatavate tulemuste ning nende saavutamiseks planeeritud ressursside ja rahaliste vahendite vastavust koostöös prefektuuri valdkondliku tegevuskava läbirääkijaga. Kui prefektuuri tegevuskava läbirääkija hinnangul ei ole võimalik põhivaldkonna poolt koostatud tegevuskava projektis prefektuurile ettenähtud eesmärke ja oodatavaid tulemusi saavutada planeeritud ressursside ja rahaliste vahenditega, teeb ta põhivaldkonna tegevuskava läbirääkijale ettepaneku eesmärkide ja oodatavate tulemuse ja/või planeeritud ressursside ja rahaliste vahendite korrigeerimiseks.

Põhivaldkonna tegevuskava läbirääkija nõustumisel prefektuuri tegevuskava läbirääkija ettepanekuga viiakse vastavad muudatused sisse valdkonna regionaalse tegevuskava projekti ja ressursijaotusesse. Kui põhivaldkonna tegevuskava läbirääkija ei nõustu prefektuuri tegevuskava läbirääkija ettepanekuga, otsustab prefektuuri tegevuskava läbirääkija ettepaneku rahuldamise või mitterahuldamise peadirektor.

Valdkondliku osakonna ja prefektuuri lühiajalise tegevuskava ja ressursside jagunemise projekti koostamine lõpeb põhivaldkonna tegevuskava läbirääkija ja prefektuuri tegevuskava läbirääkijate kokkuleppega valdkondliku lühiajalise tegevuskava ja ressursside jagunemise kohta valdkondliku osakonna ja prefektuuride vahel.

Kokkuvõtvalt toimuks (vastavalt MFKO töörühma ettepanekule) valdkonna tegevuskava koostamine alltoodud skeemi kohaselt (Rebane, E. ...P3L1-3).