Kohtueelse menetluse kokkuvõtte koostamisele peab eelnema kriminaaltoimiku süstematiseerimine ja lehekülgede nummredamine, sest Kokkuvõttes tuleb viidata toimiku lehekülgedele. Toimik peab algama kriminaalmenetluse alustamise teatise ja esimese menetlustoiminguga. Toimiku süstematiseerimiseks on 3 peamist meetodit:

1. meetod. Materjalid paigutada kronoloogiliselt, nii nagu need on kriminaalmenetluses kogutud.

2. meetod. Materjal paigutada episoodide kaupa, kui on tegemist mitmeepisoodilise kuriteoga.

3.meetod. Materjal paigutada isikute kaupa, kui on tegemist mitme kahtlustatavaga kriminaalmenetlusega.

Prokuratuuril on õigus vajadusel kõrvaldada kriminaaltoimikust kriminaalasja seisukohalt tähtsusetut materjali ja vajaduse korral süstematiseerida kriminaaltoimik uuesti (KrMS § 223 lg2 kohaselt).

Kui menetleja eemaldab toimikust asjasse mittepuutuvaid materjale, mis kajastavad menetlustoiminguid, siis on vajalik lisada ka õiend, mis materjalid eemaldati ja kus need asuvad.