Maksuhalduril on kohustus teostada maksumenetlust võimalikult lihtsalt, kiirelt ja efektiivselt,

vältides üleliigseid kulutusi ja ebamugavusi, järgides haldusmenetluse üldpõhimõtteid ja tagades menetlusosalise õiguste kaitse (MKS § 10 lg 3).

Proportsionaalsuse põhimõte on seotud isikute põhiõiguste ja -vabaduste piiramisega.

Iga demokraatliku riigi, sh selle maksusüsteemi toimimiseks on vajalik piirata isikute põhiõigusi ja -vabadusi,
kuid proportsionaalsuse põhimõtte kohaselt ei tohi selline piiramine moonutada põhiõiguste ja -vabaduste olemust (EV PS § 11).

Õigusi ja vabadusi ei tohi piirata suuremas ulatuses, kui on lubatud seadusega.
Riigivõimu poolt kasutatavad vahendid peavad olema vajalikud, vastavuses soovitud eesmärgiga ning ei ole lubatud rakendada ülemäärast sundi.
Maksukohustuslasele kui haldussuhte nõrgemale poolele tuleb tagada kaitse riigivõimu omavoli eest.

Uurimispõhimõtte kohaselt maksuhaldur kogub omal algatusel maksumenetluses vajalikke tõendeid (MKS § 11).

Eelkõige lähtub maksuhaldur maksukohustuse täitmise kontrollimisel ja maksu määramisel maksukohutuslase poolt esitatud andmetest -
maksudeklaratsioonidest, maksukohustuslase raamatupidamisarvestusest ja muust tema poolt enda tegevuse kohta peetud arvestusest.

Maksuhaldur peab seejuures lähtuma nn heausksuse põhimõttest ja on kohustatud arvestama kõiki antud asjas tähendust omavaid asjaolusid.
Kui maksuhalduril tekib kahtlus maksukohustuslase esitatud andmete õigsuses, kogub ta täiendavaid tõendeid, otsustades toimingute sooritamise vajaduse,
toimingute liigi ja ulatuse.

Maksuhalduri kaalutlusõigus ehk diskretsioon on maksuhaldurile seadusega antud volitus kaaluda abinõu kohaldamist või valida erinevate abinõude vahel,
arvestades volitusi, õiguse üldpõhimõtteid, arvestades olulisi asjaolusid ja kaaludes põhjendatud huve (MKS § 12).

Õigus ärakuulamisele on demokraatliku riigi üldtunnustatud põhimõte.

Maksumaksjal on õigus olla ära kuulatud igas menetluse etapis, kui kavatsetav haldusakt puudutab tema õigusi.

Kui maksumaksja on menetluse käigus oma arvamused ja vastuväited maksuhaldurile esitanud (MKS § 13),
siis peab maksuhaldur võtma need teadmiseks ja otsuse tegemisel neid kaaluma ning nendest otsuse tegemisel lähtuma.

Konkreetses maksumenetluses on maksuhalduril kohustus võimaldada maksukohustuslasel täita talle seadusega pandud kaasaaitamiskohustust.

• NÄITEKS Teabe kogumine kolmandate isikute käest ei tohi toimuda ilma maksukohustuslast sellest teavitamata.

Kõik riigiasutused, kohalikud omavalitsused ja nende ametiisikud on kohustatud seaduses sätestatud korras andma Eesti kodanikule
tema nõudmisel informatsiooni oma tegevuse kohta, välja arvatud andmed, mille välja andmine on seadusega keelatud või mis on mõeldud vaid asutusesiseseks kasutamiseks (EV PS § 44).

Maksuhalduril on kohustus jagada teavet maksumaksjale tema poolt maksmisele või kinnipidamisele kuuluvate maksude kohta.
Maksuhaldur peab selgitama kuidas maks arvutatakse või määratakse ja annab maksudeklaratsiooni täitmiseks või vaide esitamiseks juhiseid.

Teabe andmine maksukohustuslasele eeldab maksukohustuslase enda initsiatiivi. (MKS § 14)

Erinevalt haldusmenetluses kehtivast põhimõttest, mille kohaselt haldusmenetlus on avalik,
kehtib maksumenetluses üldjuhul andmete avaldamise keeld.

Maksumenetlusele kui haldusmenetluse eriliigile on iseloomulik asja menetlevale ametnikele eraelu puudutavate andmete teatavaks saamine
ning kuna põhiseadus sätestab eraelu puutumatuse kaitse, peab informatsiooni avaldamise vajadus olema väga hästi põhjendatud ja maksuandmete avalikustamise alused seaduses konkreetselt ära toodud.

Maksusaladuse kaitse eesmärk on tagada maksukohustuslase kaasaaitamiskohustuse täitmine ja maksukohustuslase põhiõiguste kaitse.